2013年，瑞士的原子核研究机构CERN启动了名为“Niantic计划”的秘密计划，研究干涉人类精神的未知物质“奇异物质（XM）”。各国机关暗中进行这项研究，XM被视为人类的希望或是威胁，大国及巨大企业为此而爆发了争夺战。接受XM的力量，并准备将其利用于人类进化的“启蒙军”。将XM视为威胁，并准备控制它的“反抗军”。世界划分为这两大阵营，至今仍在持续着争斗。以东京和世界为舞台，围绕着XM的新战斗开幕，将动画、在线位置信息游戏以及现实连结起来，从未体验过的全新“增强现实娱乐”开始了。